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<title>ICLIP</title>
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<h1 id="firstHeading" class="firstHeading mw-first-heading">iCLIP</h1>
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<div id="mw-content-text" class="mw-body-content mw-content-ltr" lang="de" dir="ltr"><div class="mw-content-ltr mw-parser-output" lang="de" dir="ltr"><p><b>iCLIP</b> (engl. <i><span lang="en">individual-nucleotide resolution Cross-Linking and ImmunoPrecipitation</span></i> ‚Quervernetzung und Immunpräzipitation mit Einzelnukleotid-Auflösung‘) ist eine Methode der <a href="Biochemie" title="Biochemie">Biochemie</a> zur Bestimmung von <a href="Protein-RNA-Interaktion" title="Protein-RNA-Interaktion">Protein-RNA-Interaktionen</a>.<sup id="cite_ref-1" class="reference"><a href="#cite_note-1"><span class="cite-bracket">[</span>1<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> Solche Interaktionen finden z. B. bei <a href="Ribonukleoprotein" title="Ribonukleoprotein">Ribonukleoproteinen</a> und <a href="Mikro-RNA" class="mw-redirect" title="Mikro-RNA">Mikro-RNA</a>-enthaltenden <a href="Proteinkomplex" title="Proteinkomplex">Proteinkomplexen</a> statt.<sup id="cite_ref-2" class="reference"><a href="#cite_note-2"><span class="cite-bracket">[</span>2<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>
</p>
<div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Prinzip">Prinzip</h2></div>
<p>Die ICLIP verwendet eine Kombination aus verschiedenen Methoden. Nach einer <a href="Vernetzung_(Chemie)" title="Vernetzung (Chemie)">Quervernetzung</a> der RNA-<a href="Proteinkomplex" title="Proteinkomplex">Proteinkomplexe</a> in <a href="Zellkultur" title="Zellkultur">Zellkulturen</a> unter <a href="Ultraviolettes_Licht" class="mw-redirect" title="Ultraviolettes Licht">UV-Licht</a> können die aneinander gebundenen Moleküle nach einem <a href="Zellaufschluss" title="Zellaufschluss">Zellaufschluss</a> gemeinsam aufgrund der selektiven Bindung des Proteinanteils an vorhandene <a href="Antik%C3%B6rper" title="Antikörper">Antikörper</a> im Zuge einer <a href="Immunpr%C3%A4zipitation" title="Immunpräzipitation">Immunpräzipitation</a> isoliert werden. Die vernetzten RNA-Protein-Moleküle werden zum späteren Nachweis anhand einer <a href="Radioaktivit%C3%A4t" title="Radioaktivität">Radioaktivität</a> einer Markierung des RNA-Anteils mit radioaktivem <a href="Phosphor" title="Phosphor">Phosphor</a> unterzogen. Im Anschluss erfolgt eine <a href="Proteinreinigung" title="Proteinreinigung">Proteinreinigung</a> per <a href="SDS-PAGE" title="SDS-PAGE">SDS-PAGE</a> mit Nachweis per <a href="Western_Blot" title="Western Blot">Western Blot</a>. Die Komplexe werden von der Blotmembran extrahiert, um durch einen <a href="Proteinase_K" title="Proteinase K">Proteinase-K</a>-Verdau der Proteinanteile der vernetzten Komplexe die zuvor vernetzte RNA freizusetzen. Die RNA wird per <a href="Phenol-Chloroform-Extraktion" title="Phenol-Chloroform-Extraktion">Phenol-Chloroform-Extraktion</a> gereinigt und in einer <a href="RT-PCR" class="mw-redirect" title="RT-PCR">RT-PCR</a> zur Erzeugung von cDNA mit derselben Abfolge der <a href="Nukleinbase" class="mw-redirect" title="Nukleinbase">Nukleinbasen</a> eingesetzt. Die cDNA wird in einer DNA-<a href="Polyacrylamid-Gelelektrophorese" title="Polyacrylamid-Gelelektrophorese">Polyacrylamid-Gelelektrophorese</a> mit anschließender <a href="Gelextraktion" title="Gelextraktion">Gelextraktion</a> und <a href="Ethanolf%C3%A4llung" class="mw-redirect" title="Ethanolfällung">Ethanolfällung</a> <a href="DNA-Reinigung" title="DNA-Reinigung">gereinigt</a>. Die gereinigte DNA wird per <a href="DNA-Sequenzierung" title="DNA-Sequenzierung">DNA-Sequenzierung</a> im <a href="Hochdurchsatz" class="mw-redirect" title="Hochdurchsatz">Hochdurchsatz</a> sequenziert. Da die ermittelten Sequenzen der cDNA derjenigen der RNA entsprechen, wird somit die Sequenz aller RNA ermittelt, die zuvor anhand der spezifischen Bindung an ein bestimmtes Protein mitaufgereinigt wurden.<sup id="cite_ref-3" class="reference"><a href="#cite_note-3"><span class="cite-bracket">[</span>3<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>
</p><p>ICLIP besitzt Ähnlichkeiten mit der <a href="CLIP-Seq" title="CLIP-Seq">CLIP-Seq</a>, der <a href="PAR-CLIP" title="PAR-CLIP">PAR-CLIP</a>, ist allerdings mit 64 Reaktionsschritten deutlich aufwändiger. Im Vergleich kann sie das quervernetzte Nukleotid jedoch direkt nachweisen. Durch die SDS-PAGE erfolgt eine zusätzliche <a href="Proteinreinigung" title="Proteinreinigung">Proteinreinigung</a>, was die Menge an kontaminanter und unerwünschter RNA bei der RT-PCR mindert, die zur Ermittlung <a href="Falsch_positiv" class="mw-redirect" title="Falsch positiv">falsch positiver</a> Sequenzen führen.
</p>
<div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Weblinks">Weblinks</h2></div>
<ul><li><a rel="nofollow" class="external text" href="https://starbase.sysu.edu.cn/">starBase database</a>: eine Online-Datenbank für RNA-Protein-Interaktionen. Abgerufen am 20. Juni 2013.</li>
<li><a rel="nofollow" class="external text" href="https://dorina.mdc-berlin.de/">BIMSB doRiNA database</a>: eine Online-Datenbank für RNA-Protein-Interaktionen. Abgerufen am 20. Juni 2013.</li></ul>
<div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Einzelnachweise">Einzelnachweise</h2></div>
<ol class="references">
<li id="cite_note-1"><span class="mw-cite-backlink"><a href="#cite_ref-1">↑</a></span> <span class="reference-text">Julian König, Kathi Zarnack, Nicholas M. Luscombe, Jernej Ule: <cite style="font-style:italic">Protein–RNA interactions: new genomic technologies and perspectives</cite>. In: <cite style="font-style:italic">Nature Reviews Genetics</cite>. <span style="white-space:nowrap">Band<span style="display:inline-block;width:.2em"> </span>13</span>, <span style="white-space:nowrap">Nr.<span style="display:inline-block;width:.2em"> </span>2</span>, 18. Januar 2012, <span style="white-space:nowrap">S.<span style="display:inline-block;width:.2em"> </span>77–83</span>, <a href="Digital_Object_Identifier" title="Digital Object Identifier">doi</a>:<span class="uri-handle" style="white-space:nowrap"><a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1038/nrg3141">10.1038/nrg3141</a></span>.<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rfr_id=info:sid/de.wikipedia.org:ICLIP&rft.atitle=Protein-RNA+interactions%3A+new+genomic+technologies+and+perspectives&rft.au=Julian+K%C3%B6nig%2C+Kathi+Zarnack%2C+Nicholas+M.+Luscombe%2C+...&rft.date=2012-01-18&rft.doi=10.1038%2Fnrg3141&rft.genre=journal&rft.issue=2&rft.jtitle=Nature+Reviews+Genetics&rft.pages=77-83&rft.volume=13" style="display:none"> </span></span>
</li>
<li id="cite_note-2"><span class="mw-cite-backlink"><a href="#cite_ref-2">↑</a></span> <span class="reference-text">J. P. Broughton, A. E. Pasquinelli: <i>Identifying Argonaute binding sites in Caenorhabditis elegans using iCLIP.</i> In: <i>Methods.</i> 63(2), 15. Sep 2013, S. 119–125. <a href="https://doi.org/10.1016/j.ymeth.2013.03.033" class="extiw external" title="doi:10.1016/j.ymeth.2013.03.033">doi:10.1016/j.ymeth.2013.03.033</a>. <a class="external mw-magiclink-pmid" rel="nofollow" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23583680?dopt=Abstract">PMID 23583680</a>.</span>
</li>
<li id="cite_note-3"><span class="mw-cite-backlink"><a href="#cite_ref-3">↑</a></span> <span class="reference-text">J. König, K. Zarnack, G. Rot, T. Curk, M. Kayikci, B. Zupan, D. J. Turner, N. M. Luscombe, J. Ule: <i>iCLIP reveals the function of hnRNP particles in splicing at individual nucleotide resolution.</i> In: <i>Nature Structural Molecular Biology.</i> Band 17, Ausgabe 7, 2010, S. 909–915. <a href="https://doi.org/10.1038/nsmb.1838" class="extiw external" title="doi:10.1038/nsmb.1838">doi:10.1038/nsmb.1838</a>. <a class="external mw-magiclink-pmid" rel="nofollow" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20601959?dopt=Abstract">PMID 20601959</a>. <a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3000544/">PMC 3000544</a> (freier Volltext).</span>
</li>
</ol></div><!--htdig_noindex--><div><div class="zim-footer">
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